Em uma noite de tempestade, a Princesa Zelda e as donzelas santuário temem que a razão para esses eventos é que o selo de Vaati está enfraquecendo. Ela convoca Link e leva-o para o castelo para que ele possa protegê-la e as outras donzelas, enquanto eles abrem o portal para o Santuário Quatro Espada. Quando o fazem, no entanto, uma figura sombria surge do portal. Esta figura foi link Sombra, que então sequestrado as donzelas do santuário e as selou em cristais. Link segue até o santuário onde ele recupera a Four Sword para destruir este sósia. O Four Sword é uma espada mágica que divide o portador em quatro clones de si mesmo. Vaati é novamente liberado e causa estragos no reino